Endrov — открытое программное обеспечение для анализа биологических изображений и обработки многомерных данных, разработанное для работы с сериями микроскопических изображений, включая временные ряды и трёхмерные стеки. Проект возник как инструмент для исследователей в области клеточной и молекулярной биологии, стремящихся к гибкой платформе для визуализации, аннотирования и автоматизированного анализа изображений. Архитектура приложения ориентирована на расширяемость через плагины и скрипты, что позволяет адаптировать пакет под разные экспериментальные задачи и интегрировать новые алгоритмы обработки.
Программный продукт поддерживает работу с многоканальными и многомерными наборами данных, предоставляя инструменты для предобработки, сегментации, отслеживания объектов во времени и количественного анализа. Интерфейс сочетает функции интерактивного просмотра и пакетной обработки, что облегчает воспроизводимость и автоматизацию рабочих процессов. В случае ограниченности официальной документации, текущее изложение основано на общедоступных описаниях и типичных возможностях подобных пакетов для биологических изображений.
- Поддержка многомерных данных: работа с 3D-стеками и временными рядами, многоканальные изображения.
- Визуализация: интерактивный просмотр слайсов, проекций и анимаций временных серий.
- Инструменты сегментации: ручные и автоматические методы для выделения клеток и структур.
- Отслеживание объектов: алгоритмы для трекинга частиц и клеток в последовательностях кадров.
- Анализ и измерения: вычисление интенсивностей, форменных характеристик и статистик по выделенным регионам.
- Расширяемость: поддержка плагинов и скриптов для добавления новых методов обработки и интеграции с внешними библиотеками.
- Пакетная обработка: возможности автоматического запуска операций на больших наборах данных для воспроизводимых результатов.
- Форматы данных: совместимость с распространёнными форматами микроскопических изображений и возможная поддержка метаданных.
- Визуальная аннотация: средства для пометки областей интереса и сохранения результатов аннотации.
- Интерактивная настройка параметров: контроль за параметрами обработки с мгновенной обратной связью в окне просмотра.