scorer — программный инструмент для оценки соответствия предсказанной вторичной структуры РНК эталонной структуре. Он используется в исследованиях биоинформатики и молекулярной биологии для количественной проверки алгоритмов предсказания структуры РНК, включая методики основанные на свободной энергии, статистическом обучении и глубоком обучении. Инструмент сравнивает пары оснований в двух структурах и вычисляет метрики, отражающие полноту и точность предсказаний, что помогает исследователям оценивать качество и надёжность прогнозов на наборах тестовых последовательностей.
Исторически такие скоры появились как компонент тестирования программ для предсказания вторичной структуры РНК и анализа баз данных с известными структурами. Хотя конкретная реализация с названием «scorer» может варьироваться и иметь несколько версий, в общих чертах он предоставляет стандартный набор показателей качества, включая чувствительность (sensitivity) и положительную прогностическую ценность (PPV, positive predictive value). В случаях ограниченности документированных сведений о конкретной реализации, описание ниже обобщает типичный функционал подобных инструментов и сценарии их применения.
- Сравнение пар оснований: сопоставляет предсказанные и эталонные парные взаимодействия нуклеотидов, учитывая направление и позиции в последовательности.
- Вычисление чувствительности: определяет долю правильно предсказанных пар относительно всех истинных пар в эталонной структуре (TP / (TP + FN)).
- Вычисление PPV: оценивает долю правильно предсказанных пар среди всех предсказанных пар (TP / (TP + FP)).
- Поддержка форматов входных данных: обычно принимает стандартные форматы представления структуры РНК (например, dot-bracket и списки пар), позволяя пакетную обработку множества последовательностей.
- Дополнительные метрики: может включать F1-меру, специфичность и другие сводные показатели качества предсказаний.
- Опции выравнивания и толерантности: предоставляет параметры для учёта альтернативных сопряжений, смещений позиций или допуска коротких непредсказанных стеблей при сопоставлении.
- Отчётность и выводы: генерирует сводные статистики по набору данных и отдельные записи по каждой последовательности для дальнейшего анализа и визуализации вне инструмента.
- Интеграция в рабочие процессы: часто используется в конвейерах валидации алгоритмов и при подготовке тестовых наборов для публикаций и бенчмарков.
- Поведенческие предположения: при отсутствии спецификации конкретной версии инструмент предполагает бинарное сравнение пар (пара либо совпадает, либо нет) без учёта третичных взаимодействий или химических модификаций.