KineFold — это веб-сервер для стохастического моделирования свёртывания РНК и ДНК, позволяющий исследовать кинетику формирования вторичной структуры нуклеиновых кислот на молекулярных временных шкалах от секунд до минут. Сервис был разработан для моделирования путей свёртывания, включая образование и диссоциацию спиралей, с учётом топологических особенностей, таких как псевдозавитки и узлы. Эти особенности делают KineFold полезным инструментом для изучения динамики свёртывания, особенно в контексте ко-транскрипционного свёртывания и ренатурации нуклеиновых кислот.
С момента своего запуска в 2002 году KineFold стал одним из первых онлайн-инструментов, предлагающих стохастические симуляции свёртывания РНК и ДНК. Он использует алгоритм Гиллеспи для моделирования кинетики свёртывания, что позволяет учитывать временные зависимости и вероятностные переходы между состояниями структуры. Это делает KineFold ценным инструментом для исследователей, занимающихся молекулярной биологией, биофизикой и смежными областями.
- Моделирование путей свёртывания РНК и ДНК на молекулярных временных шкалах (секунды — минуты).
- Использование алгоритма Гиллеспи для стохастического моделирования кинетики свёртывания.
- Прогнозирование образования псевдозавитков и топологически запутанных спиралей с учётом геометрических и топологических ограничений.
- Предоставление анимированных путей свёртывания и графиков траекторий для анализа динамики формирования структур.
- Поддержка пользовательского ввода последовательностей РНК и ДНК для индивидуальных симуляций.
- Доступность через веб-интерфейс, позволяющий запускать симуляции без необходимости установки дополнительного программного обеспечения.