RNAshapes — это программный пакет для анализа вторичной структуры РНК, основанный на абстрактном представлении структур в виде «форм» (shapes). Он был разработан для эффективного и масштабируемого анализа РНК-структур, предлагая альтернативу традиционным методам, таким как минимальная свободная энергия (MFE) или вероятностные ансамбли. В отличие от этих подходов, RNAshapes фокусируется на сохранении топологической информации о структуре, игнорируя длины спиралей, что позволяет уменьшить число субоптимальных решений без потери значимой информации.
Пакет включает три основных инструмента: анализ представителей форм, вычисление вероятностей форм и подход консенсусных форм. Все они реализованы с использованием абстрактного подхода к анализу РНК-структур, что делает RNAshapes мощным инструментом для различных задач в области биоинформатики и молекулярной биологии.
- Анализ представителей форм: позволяет идентифицировать и классифицировать основные структурные элементы РНК.
- Вычисление вероятностей форм: оценивает вероятность различных структурных конфигураций на основе термодинамических и статистических моделей.
- Консенсусные формы: используется для определения наиболее вероятной структуры из набора вариантов, что особенно полезно при анализе семейства РНК.
- Поддержка псевдокнотов: расширенная функциональность для анализа структур с псевдокнотами, включая сложные мотивы, такие как «kissing hairpin».
- Поддержка выравниваний: интеграция с инструментами для анализа выравниваний РНК, что позволяет учитывать эволюционные аспекты при предсказании структуры.
- Графический интерфейс: наличие графического интерфейса для пользователей, не знакомых с командной строкой, что улучшает доступность и удобство использования пакета.