RNAsoft — это набор программных инструментов, предназначенных для предсказания вторичной структуры РНК и ДНК, а также для проектирования РНК-последовательностей с заданной структурой. Разработанный с использованием стандартных термодинамических моделей формирования вторичной структуры РНК, RNAsoft предоставляет исследователям и специалистам по молекулярной биологии эффективные средства для анализа и проектирования нуклеиновых кислот.
Набор включает в себя три основных инструмента: PairFold, CombFold и RNA Designer. Эти программы позволяют предсказывать минимальную свободную энергию (MFE) вторичной структуры пары молекул РНК или ДНК, тестировать комбинации тегов на отсутствие нежелательной вторичной структуры и проектировать РНК-последовательности, сворачивающиеся в заданную структуру. Все инструменты используют нотацию точка-скобка для представления вторичной структуры, что обеспечивает удобство в анализе и интерпретации результатов.
- PairFold — предсказывает минимальную свободную энергию вторичной структуры, образованной двумя молекулами РНК или ДНК, и оценивает их взаимодействие.
- CombFold — анализирует наборы комбинаций РНК или ДНК-тегов, выявляя те, которые не образуют нежелательных вторичных структур.
- RNA Designer — проектирует РНК-последовательности, которые сворачиваются в заданную вторичную структуру, что полезно при разработке молекул с определёнными функциональными свойствами.