RactIP — это веб-сервис и набор программ для предсказания совместных вторичных структур РНК, включая взаимодействия типа «kissing» (поцелуйные) петли, с использованием целочисленного программирования для достижения максимальной ожидаемой точности (MEA). Разработан группой исследователей из Японии, включая Юки Като, Кенго Сато, Киоши Асай и Тацуя Акуцу. Сервис был представлен в 2010 году и с тех пор используется для анализа взаимодействий между молекулами РНК, что имеет важное значение для понимания регуляции генов и разработки РНК-ориентированных терапевтических средств.
Основной особенностью RactIP является использование целочисленного программирования для моделирования и предсказания структуры РНК–РНК взаимодействий. Это позволяет интегрировать вероятностные данные о базовых парах в целочисленную задачу оптимизации, решаемую с помощью GNU Linear Programming Kit (GLPK). Такой подход обеспечивает высокую точность и скорость предсказания по сравнению с традиционными методами.
- Предсказание совместных вторичных структур РНК, включая взаимодействия типа «kissing» петли.
- Использование целочисленного программирования для оптимизации структуры с максимальной ожидаемой точностью (MEA).
- Интеграция вероятностных данных о базовых парах в задачу оптимизации.
- Реализация с использованием GNU Linear Programming Kit (GLPK) для решения целочисленных задач.
- Быстрое выполнение предсказаний, что позволяет обрабатывать большие объемы данных.
- Доступность через веб-интерфейс, позволяющий пользователям без глубоких знаний в области программирования использовать сервис.
- Поддержка ввода данных в формате FASTA для двух РНК-последовательностей.
- Предоставление результатов в виде структурных схем и соответствующих оценок точности.