Программа Sfold представляет собой инструмент для статистического предсказания вторичной структуры РНК и оценки доступности мишеней, предназначенных для конструирования малых интерферирующих РНК (siRNA) и антисмысловых олигонуклеотидов. Разработанная в Центре Вадсворта при Департаменте здравоохранения штата Нью-Йорк, Sfold использует статистические методы для моделирования ансамбля возможных структур РНК, что позволяет более точно оценить доступность целевых участков мРНК и вирусных РНК.
В отличие от традиционных методов, основанных на минимизации свободной энергии, Sfold применяет алгоритм, который генерирует множество возможных структур РНК, взвешенных по вероятности их появления в термодинамическом равновесии. Это позволяет учитывать разнообразие возможных конформаций молекулы и повышать точность предсказаний. Программа предоставляет инструменты для анализа доступности участков мишени, что критически важно при разработке эффективных siRNA и антисмысловых олигонуклеотидов.
- Статистическое предсказание вторичной структуры РНК: Генерация ансамбля возможных структур с учетом их вероятности.
- Оценка доступности мишеней: Анализ доступности целевых участков мРНК и вирусных РНК для связывания с олигонуклеотидами.
- Конструирование siRNA и антисмысловых олигонуклеотидов: Разработка эффективных молекул для подавления экспрессии генов.
- Поддержка различных форматов ввода: Возможность работы с последовательностями в формате FASTA и другими.
- Гибкость и расширяемость: Возможность адаптации программы под специфические задачи и требования пользователя.