pfold — это инструмент для предсказания вторичной структуры РНК, использующий стохастические контекстно-свободные грамматики (SCFG) в сочетании с филогенетической информацией. Он предназначен для точного предсказания консенсусной структуры РНК на основе выравнивания последовательностей, что особенно полезно при наличии филогенетических данных. Этот подход позволяет учитывать эволюционные связи между последовательностями, улучшая точность предсказаний по сравнению с методами, основанными только на термодинамических моделях.
Алгоритм pfold был представлен в 2003 году и с тех пор стал одним из наиболее цитируемых методов в области предсказания вторичной структуры РНК. Он использует SCFG, специально разработанную для РНК, и комбинирует её с филогенетической моделью для более точного предсказания структуры. В отличие от традиционных методов, pfold учитывает эволюционные изменения в последовательностях, что позволяет более точно моделировать структуру РНК, особенно в случаях, когда доступны выравнивания последовательностей.
- Использует стохастические контекстно-свободные грамматики (SCFG) для предсказания структуры РНК.
- Интегрирует филогенетическую информацию для улучшения точности предсказаний.
- Способен обрабатывать выравнивания РНК-секвенций, учитывая эволюционные изменения.
- Применяет динамическое программирование (алгоритм CYK) для вычисления наиболее вероятной структуры.
- Подходит для анализа больших наборов данных, таких как рРНК или вирусные геномы.
- Предоставляет возможность оценки неопределённости структуры через вероятностные модели.