MXSCARNA (Multiplex Stem Candidate Aligner for RNAs) — инструмент для быстрого структурного множественного выравнивания РНК-последовательностей. Основанный на алгоритме парного структурного выравнивания SCARNA, MXSCARNA реализует прогрессивный подход, позволяющий эффективно обрабатывать большие наборы данных, сохраняя при этом высокую точность выравнивания.
MXSCARNA был разработан в Исследовательском центре вычислительной биологии (Computational Biology Research Center, CBRC) при Национальном институте передовых промышленных наук и технологий Японии (AIST). Программа предназначена для использования в Linux-средах и предоставляет командный интерфейс для интеграции в различные пайплайны анализа РНК.
- Реализация прогрессивного множественного выравнивания на основе парных структурных выравниваний SCARNA.
- Обработка больших наборов РНК-последовательностей с сохранением высокой точности выравнивания.
- Поддержка различных форматов входных данных, включая FASTA и Stockholm.
- Возможность интеграции с другими инструментами, такими как MAFFT, для расширения функциональности.
- Подходит для анализа некодирующих РНК, включая микроРНК, рибозимы и другие структурированные элементы РНК.