Cytoscape — это открытая программная платформа для визуализации и анализа сложных сетей, в первую очередь биомолекулярных взаимодействий и сигнальных путей, с возможностью интеграции атрибутов, аннотаций и данных о состоянии системы. Платформа была создана с акцентом на исследовательскую биологию, но с течением времени её применение расширилось и на другие области, где требуется анализ общих графов и сетей. Основное распределение Cytoscape обеспечивает базовый набор функций для загрузки данных, визуализации, обработки и анализа сетей.
Архитектура Cytoscape поддерживает расширения через модули (Apps, ранее называвшиеся Plugins), что позволяет добавлять новые методы анализа, другие форматы файлов, дополнительные виды визуализации и интерфейсы к внешним источникам данных. Версия 3.x платформы ориентирована на модульность, улучшенную производительность, поддержку больших сетей, а также на автоматизацию и интеграцию через REST-интерфейсы и интерфейсы сценариев. Исторически Cytoscape развивался на основе версии 2.x, которая сейчас считается наследием, и затем был осуществлён переход к версии 3 с целью повышения устойчивости, расширяемости и поддержки современных требований к визуализации и аналитике.
- Импорт и интеграция сетевых данных — поддерживаются разнообразные форматы (включая форматы взаимодействий, путей, аннотаций), возможность объединения экспериментальных данных с сетью как атрибутов узлов и рёбер.
- Визуализация сетей — настройка визуальных стилей: цвет, форма, размер узлов и рёбер в зависимости от атрибутов; различные алгоритмы раскладки; масштабирование, панорамирование и управление представлением больших графов.
- Анализ сетей — вычисление сетевых метрик (центральности, кластеры, пути, компоненты), фильтрация узлов и рёбер, выделение подграфов, нахождение модулей и соотношений перекрывающихся сообществ.
- Расширяемость через Apps — сторонние модули позволяют добавлять новые алгоритмы и виды визуализации, поддержку дополнительных форматов файлов, интеграцию с веб-сервисами и базами данных, автоматизацию и создание сценариев.
- Интерфейсы и автоматизация — наличие API, REST-интерфейсов, поддержка сценариев (скриптов), командной строки или без-GUI использования, что позволяет включать Cytoscape в автоматизированные аналитические конвейеры.
- Работа с аннотациями и состояниями — возможность привязывать к узлам и рёбрам данные о состоянии (например, уровни экспрессии генов, данные о времени, конфигурации), наложение этих данных на визуальные представления.
- Поддержка масштабируемости и производительности — оптимизация отрисовки для сетей средней и крупной величины, механизмы сохранения сессий и управления несколькими сетями одновременно.
- Межплатформенность — поддержка основных операционных систем (Windows, macOS, Linux) в настольной среде; работа на Java-платформе.