Asterias — набор веб-приложений для анализа высокопроизводительных биомедицинских данных, в первую очередь данных транскриптомики и протеомики. Платформа предоставляет пользователю последовательность инструментов для загрузки, нормализации, предварительной обработки и статистического анализа выраженности генов или белков, включая методы выравнивания, фильтрации шумов и визуализации результатов. Интерфейс ориентирован на выполнение типовых биоинформатических рабочих задач без необходимости глубокой работы с командной строкой.
Проект включает компоненты для проведения анализа дифференциальной экспрессии, обнаружения молекулярных сигнатур, кластерного анализа и аннотационной обработки наборов признаков. Asterias поддерживает несколько алгоритмов нормализации и тестов значимости, а также обеспечивает экспорт результатов в удобных форматах для дальнейшей обработки. В доступных описаниях отмечается, что платформа предназначена для исследователей, занимающихся биологическими и клиническими исследованиями, и служит инструментом для быстрого получения воспроизводимых аналитических выводов.
- Загрузка и предобработка данных: поддержка форматов табличных данных, фильтрация низкоинформативных признаков и импутация пропущенных значений.
- Нормализация: реализация нескольких методов нормализации, уместных для микрочипов, секвенирования и протеомных измерений.
- Дифференциальная экспрессия: статистические тесты для выявления значимо изменённых генов или белков между группами образцов.
- Поиск молекулярных сигнатур: выявление наборов признаков, характеризующих состояние или фенотип, с возможностью оценки стабильности сигнатур.
- Кластеризация и снижение размерности: иерархическая и разделяющая кластеризация, PCA и другие методы визуализации высокоразмерных данных.
- Аннотация и функциональный анализ: сопоставление выявленных признаков с биологическими аннотациями и путями для интерпретации результатов.
- Оценка производительности предсказательных моделей: построение и валидация классификаторов с метриками точности, ROC-кривыми и перекрёстной проверкой.
- Экспорт результатов: сохранение таблиц с результатами, списков значимых признаков и настроек анализа для воспроизводимости.
- Интерактивность: веб-инструменты предоставляют интерактивные панели для выбора параметров анализа и просмотра ключевых результатов.
- Документация и примеры: встроенные руководства и примеры рабочих сценариев для типичных задач аналитики омных данных.