Juicebox — это программное обеспечение для визуализации данных Hi-C и других экспериментов по картированию контактов, разработанное лабораторией Aiden Lab в сотрудничестве с командой IGV. Оно предоставляет исследователям мощные инструменты для интерактивного анализа трёхмерной организации генома, позволяя детально изучать пространственные взаимодействия между участками ДНК.
Первоначально представленное как десктоп-приложение, Juicebox было адаптировано в облачную версию Juicebox.js, обеспечивающую доступ к визуализации Hi-C данных через веб-браузер. Это расширение значительно упростило процесс обмена и воспроизводимости научных результатов, позволяя пользователям создавать интерактивные визуализации без необходимости программирования.
- Интерактивная визуализация Hi-C данных: возможность масштабирования и панорамирования контактных карт с высокой разрешающей способностью, аналогично работе с картами в Google Earth.
- Поддержка различных разрешений: отображение данных в различных масштабах, от крупных доменов до отдельных взаимодействий между парами нуклеотидов.
- Интеграция с другими аннотациями: наложение геномных треков, таких как ChIP-seq или RNA-seq, для комплексного анализа взаимодействий.
- Поддержка формата .hic: использование компактного бинарного формата, обеспечивающего быстрый доступ к данным на разных уровнях разрешения.
- Облачная версия Juicebox.js: возможность загрузки и совместного использования данных без необходимости установки программного обеспечения, с сохранением состояния браузера в виде URL-ссылки.
- Модуль Assembly Tools: инструменты для исправления и улучшения сборок генома с использованием Hi-C данных, позволяя корректировать ошибки и улучшать качество аннотаций.
- Поддержка различных платформ: доступность как десктопной версии для Windows, Mac и Linux, так и веб-версии, совместимой с мобильными устройствами.