RNAalifold — инструмент из пакета ViennaRNA, предназначенный для предсказания консенсусной вторичной структуры РНК на основе выровненных последовательностей. Он использует модификацию алгоритма динамического программирования, адаптированную для множественных выравниваний, и сочетает термодинамические модели с анализом эволюционной консервации. Это позволяет более точно предсказывать структуру, учитывая как термодинамическую стабильность, так и эволюционные сигналы.
Программа принимает на вход выровненные последовательности в форматах CLUSTAL, Stockholm, FASTA или MAF и вычисляет минимальную свободную энергию (MFE) структуры, функцию разделения (partition function) и матрицу вероятностей пар оснований. Выходные данные включают структуру в скобочной нотации, её энергию, свободную энергию ансамбля и частоту MFE-структуры в ансамбле. Также генерируются файлы PostScript с графиками вторичной структуры и «dot plot» матрицы пар оснований.
- Предсказание консенсусной вторичной структуры — вычисление наиболее вероятной структуры для набора выровненных РНК-последовательностей с учётом эволюционной консервации.
- Расчёт минимальной свободной энергии (MFE) — определение структуры с наименьшей свободной энергией для каждой последовательности в выравнивании.
- Функция разделения (partition function) — оценка ансамбля возможных структур и вероятностей пар оснований.
- Генерация графиков — создание визуализаций вторичной структуры и матрицы вероятностей пар оснований в формате PostScript.
- Поддержка различных форматов входных данных — возможность работы с выравниваниями в форматах CLUSTAL, Stockholm, FASTA и MAF.
- Интерактивный режим — возможность ручного выбора формата входных данных при необходимости.