CentroidFold — это инструмент для предсказания вторичной структуры РНК, основанный на обобщённом гамма-центроидном оценивателе (γ-центроидном оценивателе). Он был разработан с целью повышения точности предсказания структуры РНК по сравнению с традиционными методами, такими как минимальная свободная энергия (MFE) и максимальная ожидаемая точность (MEA). В отличие от этих методов, γ-центроидный оцениватель оптимизирует предсказания, максимизируя взвешенную сумму истинных положительных и истинных отрицательных пар, что позволяет более точно отражать реальную структуру молекулы.
CentroidFold предоставляет пользователям возможность предсказывать как индивидуальные структуры для одиночных последовательностей РНК, так и общие структуры для множественных выравниваний последовательностей. Это делает его полезным инструментом для анализа как одиночных молекул РНК, так и для изучения эволюционно сохранённых структур в группе последовательностей. Веб-сервер CentroidFold позволяет пользователям легко загружать данные в формате FASTA или CLUSTAL-W и получать результаты в виде наглядных графических представлений, что способствует удобному анализу и интерпретации данных.
- Использование γ-центроидного оценивателя: алгоритм, оптимизирующий предсказания структуры РНК, максимизируя взвешенную сумму истинных положительных и истинных отрицательных пар.
- Поддержка различных моделей вероятностей: включая модели CONTRAfold, McCaskill, RNAalifold и pfold, что обеспечивает гибкость в выборе подходящей модели для конкретных задач.
- Предсказание структуры для одиночных последовательностей: возможность анализа индивидуальных молекул РНК для определения их вторичной структуры.
- Предсказание общей структуры для множественных выравниваний: анализ эволюционно сохранённых структур в группе последовательностей, что полезно для изучения функциональных элементов РНК.
- Графическое представление результатов: предоставление наглядных графиков и схем, упрощающих интерпретацию предсказанных структур.
- Быстрая и удобная обработка данных: поддержка форматов FASTA и CLUSTAL-W для удобного ввода данных и получения результатов.